Puede hacerlo creando un archivo llamado .htaccess dentro del "httpdocs" o del directorio que desee, dentro de ese archivo debe especificar los parametros que desea modificar, le mostramos algunos ejemplos:
Mostrar errores PHP:
php_flag display_errors On
Desactivar magic quotes:
php_flag magic_quotes_gpc off
Activar magic quotes:
php_flag magic_quotes_gpc on
Cambiar archivo principal:
DirectoryIndex otroarchivo.html
Cambiar el limite del archivo php.ini
php_value memory_limit 16M