Antes de subir un archivo .htaccess asegúrese que su programa FTP está configurado para mostrar los archivos ocultos (tenga en cuenta que los archivos que empiezan por . en Linux son considerados ocultos).
Si utiliza Filezilla 3 o superior, puede activar el listado de archivos ocultos haciendo click en Servidor -> Forzar mostrar archivos ocultos.